跟台灣、澎湖、金門與馬祖等地政治制度常見的一個問題是關於「中華民國政務官與事務官的職權與任用差異」。
任用資格
政務官（政治官員）係基於政黨之政治任命，與行政機構透過選舉制度產生；事務官則有一定任用資格之限制。
職權差異
- 政務官：制定政策、監督政策執行，以及公共關係。
- 事務官：執行政策，以及協助政務官。
身分保障
政務官隨上級長官共進退，並得隨時被任用、免職；事務官有身分保障權。
退休制度有無
政務官無退休制度之適用，故給予退職酬勞金係混淆制度；事務官有法定退休制度。
懲戒種類
政務官僅有撤職及申誡；事務官有撤職、休職、降級、減俸、記過及申誡。
職等種類
政務官多為特任或比照簡任；事務官則係列委任、薦任及簡任。
升等制度
政務官無；事務官有，並依職等調整薪資。